ماده 1- در این آیین نامه، واژه ها و عبارتهای زیر به جای عبارت های مشروح مربوط به کار می روند:
الف- کشور: کشور جمهوری اسلامی ایران
ب- گمرک: گمرک جمهوری اسلامی ایران
پ- شورای عالی: شورای عالی مناطق آزاد تجاری-صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی
ت- دبیرخانه: دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد تجاری-صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی
ث- قانون: قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی
ج- منطقه" منطقه ویژه اقتصادی
چ- سازمان منطقه: شخص حقوقی دولتی و یا غیر دولتی که بنا به پیشنهاد دبیرخانه توسط شورای عالی تعیین می شود و مسئولیت اداره منطقه را عهده دار می باشد.

ماده2- طرحهای جامع و کالبدی مناطق توسط سازمان منطقه تهیه می شود و با پیشنهاد دبیرخانه به تصویب شورای عالی خواهد رسید.

ماده 3- گزارش توجیهی و پیش نویس لایحه ایجاد مناطق ویژه اقتصادی جدید توسط دبیرخانه تهیه و پس از تایید شورای عالی به هیئت وزیران ارائه می شود.

ماده 4- مدیر منطقه توسط سازمان منطقه منصوب می شود.

ماده 5- تعیین سازمان منطقه موکول به تملک و تصرف اراضی مورد نظر قبل از صدور مجوز هیئت وزیران می باشد.

ماده 6- سازمان منطقه می تواند علاوه بر خدماتی که دستگاههای اجرایی ارائه می کنند، بهای خدمات عمومی، زیربنایی و مهندسی و تسهیلات مواصلاتی، انبارداری، تخلیه، بارگیری، بهداشتی، فرهنگی، ارتباطات، آموزشی و رفاهی را که راسا" در منطقه ارائه می کند، از اشخاص حقیقی و حقوقی دریافت کند. تعرفه وجوه مذکور که باید متناسب با خدمات مربوط و با هدف حفظ موقعیت رقابتی هر منطقه باشد، توسط سازمان منطقه تنظیم و جهت تایید به شورایعالی ارائه می شود. شورا ظرف یک ماه نسبت به بررسی و تایید یا اصلاح تعرفه های مزبور اقدام کند، در غیر این صورت تعرفه های پیشنهادی تایید شده تلقی خواهد شد.
تبصره 1- رعایت ضوابط نظام مهندسی و همچنین استفاده از خدمات مهندسان مشاور و پیمانکاران واجد صلاحیت فنی در مورد خدمات مهندسی لازم الرعایه است.
تبصره 2- سازمان های مناطق مکلفند تمهیدها و فرصت های لازم را جهت ارائه خدمات یاد شده توسط بخش غیر دولتی فراهم کنند. در این صورت نرخ تعرفه خدمات مذکور توسط سازمان های مسئول منطقه تعیین و اعمال می شود.

ماده 7- سازمان مسئول منطقه موظف است هنگام صدور مجوز فعالیت، سیاستها و مقررات دولتی را رعایت و اعمال کند.
تبصره- در صورت عدم انطباق مجوزهای صادر شده توسط سازمان با سیاست ها و مقررات دولتی، مسئولیت جبران خسارتهای احتمالی به اشخاص حقیقی و حقوقی بر عهده سازمان خواهد بود.

ماده 8- مبادلات بازرگانی مناطق با خارج از کشور و یا با سایر مناطق ویژه اقتصادی و مناطق آزاد تجاری-صنعتی مجاز و مستلزم ارایه اظهار نامه گمرکی بدون هیچگونه تشریفات دیگر می باشد.
تبصره- تضمین سازمان منطقه برای یکبار و یا سالیانه نیز مورد قبول گمرک ایران خواهد بود.

ماده 9- کالاهایی که از سایر نقاط کشور به منظور تعمیر و یا تکمیل به منطقه وارد و پس از تکمیل یا تعمیر به کشور اعاده می شوند، مشمول حقوق ورودی بر اساس مقررات صادرات و واردات می باشند.

ماده 10- اعاده عین کالای وارد شده از خارج به خارج از کشور یا اعاده کالای وارد شده از سایر نقاط کشور به داخل کشور در صورت ارائه اطلاعات مربوط به ورود کالاهای مذکور بدون هرگونه تشریفات با مجوز سازمان منطقه بلامانع است.

ماده 11- مواد اولیه و قطعات خارجی وارد شده به مناطق که جهت پردازش، تبدیل، تکمیل یا تعمیر به داخل کشور وارد می شوند، تابع مقررات ورود موقت بوده و پس از پردازش، تبدیل یا تکمیل یا تعمیر جهت استفاده در منطقه با حداقل تشریفات گمرکی به مناطق مرجوع و تسویه می شوند.

ماده 12- موسسات حمل و نقل و صاحبان یا دارندگان وسایل نقلیه مکلفند هنگام ورود وسیله نقلیه به منطقه، یک نسخه تصویر یا رونوشت از بارنامه هر قلم از محصولات خود را به ضمیمه فهرست کل بار به سازمان منطقه و گمرک مستقر در منطقه به منظور اعمال نظارتهای قانونی تسلیم کنند.

ماده 13- تعیین ارزش افزوده و موضوع ماده (11) قانون بر عهده کمیسیونی مرکب از نمایندگان وزارتخانه های صنایع و معادن و بازرگانی، بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران، گمرک ایران، دبیرخانه و منطقه مربوطه است که در محل دبیرخانه تشکیل می شود.
تبصره 1- مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اولیه و قطعات داخلی به کار رفته در کالای تولیدی که توسط کمیسیون فوق الذکر تعیین می شود کالای داخلی محسوب و در هنگام ورود به سایر نقاط کشور از پرداخت کلیه حقوق ورودی معاف می باشد.
تبصره 2- ورود کالای مازاد بر ارزش افزوده تولید شده در منطقه به داخل کشور مجاز و حقوق ورودی صرفا" به مواد اولیه و قطعات خارجی بکار رفته در آنجا تعلق خواهد گرفت.

ماده 14- مهلت توقف کالاهای وارد شده به منطقه توسط سازمان منطقه تعیین می شود. سازمان می تواند در ظهر قبض انبار منطقه مهلت را به عنوان شرط ضمن عقد قید کند و به امضای صاحب کالا برساند و در این ضوابط ذکر کند که چنانچه صاحب کالا در مهلت تعیین شده کالای خود را خارج نسازد و یا تعیین تکلیف نکند، پس از گذشت یک ماه از اخطار کتبی به اقامتگاه قانونی صاحب کالا، سازمان مجاز است راسا" نسبت به اجرای ضوابط مورد عمل خود اقدام کند.
تبصره- صاحب کالا شخص حقیقی و یا حقوقی و یا قائم مقام قانونی او و یا متصدی حمل است که مانیفیست کالا یا قبض انبار تفکیکی و یا ظهر نویس شده به نام او صادر شده است.

ماده 15- ثبت شرکت ها و یا شعب نمایندگی شرکت هایی که قصد فعالیت در منطقه ویژه اقتصادی را دارند صرفنظر از میزان مشارکت سهام داخلی و یا خارجی آنها و نیز ثبت مالکیت های مادی و معنوی در منطقه بر اساس درخواست سازمان منطقه بر عهده اداره ثبت اسناد و املاک مربوط و طبق ضوابط ثبت شرکت ها و مالکیت های صنعتی و معنوی در مناطق آزاد تجاری-صنعتی جمهوری اسلامی ایران موضوع تصویب نامه شماره 21453/ت15011ک مورخ 30/2/1374 و اصلاحات بعدی آن می باشد.
تبصره- در مناطق ویژه اقتصادی کلیه وظایف و اختیارات موضوع بندهای(3) و (6) ماده (1) و مواد (2) و (3) تصویب نامه مزبور به اداره ثبت اسناد و املاک مربوط محول می شود.

ماده 16- تفکیک املاک و مستغلات منطقه و صدور اسناد مالکیت در منطقه صرفا" با درخواست سازمان منطقه توسط اداره ثبت اسناد و املاک مربوط انجام می شود. انتقال املاک و مستغلات در منطقه بین اشخاص حقیقی و حقوقی در هر مرحله با اطلاع سازمان و رعایت مقررات مربوط امکان پذیر خواهد بود.
تبصره صدور اسناد مالکیت تفکیکی موکول به ارائه پایان کار صادر شده توسط سازمان منطقه می باشد.

ماده 17- امور مربوط به اشتغال نیروی انسانی و روابط کار و تامین اجتماعی، قرارداد کار، شرایط کار و مراجع حل اختلاف آنها بر اساس مقررات اشتغال نیروی انسانی، بیمه و تامین اجتماعی در مناطق آزاد تجاری-صنعتی، موضوع تصویب نامه شماره 33433/ت25ک مورخ 16/3/1373 و اصلاحات بعدی آن می باشد.
تبصره- عبارت ًمناطق آزاد تجاری –صنعتیً در تصویب نامه مذکور برای اجرا در مناطق ویژه اقتصادی با عبارت ً مناطق ویژه اقتصادیً جایگزین می شود.

ماده 18- سازمانهای مناطق موظفند آمار صادرات و واردات ماهانه خود را به وزارت بازرگانی، گمرک، بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران و دبیرخانه ارسال کنند.

ماده 19- دبیرخانه موظف است در جهت تحقق اهداف و ماموریت ها بر عملکرد مناطق نظارت کامل نموده و گزارش آن را هر شش ماه یک بار به شورای عالی ارائه کند. مناطق نسبت به عملکرد خود در قبال شورای عالی پاسخگو می باشند.
تبصره- در اجرای این وظیفه قانونی، دبیرخانه مکلف به بررسی کلیه اسناد و مدارک سازمان بدون هیچ گونه استثناء اعم از دفاتر، پرونده ها، قراردادها و مکاتبات می باشد و سازمان نیز موظف به همکاری با دبیرخانه است.

ماده 20- مواردی که در قانون و این آیین نامه تعیین تکلیف نشده باشد، بر طبق مقررات صادرات و واردات و امور گمرکی عمل خواهد شد.
این تصویب نامه در تاریخ 2/3/1386 به تصویب مقام محترم ریاست جمهوری رسیده است.

هیئت وزیران در جلسه مورخ 3/2/1385 بنا به پیشنهاد شماره 84814 مورخ 16/12/1384 معاونت اجرایی رییس جمهور و به استناد اصل یکصد و سی و هشتم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، تصویب نمود:
تصویب نامه شماره 57720/ت34169 ه مورخ21/9/1384 به شرح زیر اصلاح می شود:
1- در بندر (1) بعد از عبارت ً تجاری –صنعتیً عبارت و ًمناطق ویژه اقتصادیً اضافه می گردد.
2- در بند (2) قبل از عبارت ً به کمیسیونیً عبارت ً و قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی جمهوری اسلامی ایران – مصوب 1384- (باستثنای تبصره (2) ماده (1) قانون مزبور) اضافه می گردد.